Его название упоминается ещё среди городов, завоеванных фараоном Тутмосом Третьим во время похода в Палестину в 14 веке до н.э. С тех пор и вплоть до 12-го века до н.э. город принадлежал египтянам, и был административным центром всего региона. В ТАНАХе Бейт-Шеан упоминается уже при описании вступления народа Израиля в Землю Обетованную. В период правления царя Шауля город завоевали филистимляне (в битве при Гильбоа), но впоследствии его захватил царь Давид, и Бейт-Шеан далее перешёл к его сыну, царю Шломо (Соломону). Во времена Второго Храма население города было смешанным: здесь жили евреи, называвшие город Байшан, и греки, называвшие его Скитополис. В период антиримского восстания (66 – 70 гг. н.э.) еврейские жители города были зверски уничтожены.
Фактически, именно здесь начинается сирийско-африканский разлом. Во время землетрясения 749 года город практически полностью был разрушен, и с тех пор оставался небольшим городком. В период британского мандата население Бейт-Шеана составляло всего несколько тысяч человек. Причём, евреи по сравнению с арабами были в значительном меньшинстве. Арабы постоянно угрожали местным евреям, а во время погромов 1936 г. британская полиция эвакуировала всех евреев из города. Дома их были зверски разграблены.
Богатая древняя история города постоянно не давала покоя учёным – историкам. В 1990 г. по инициативе сразу нескольких организаций (Министерство туризма, Еврейский национальный фонд, Управление национальных парков, муниципалитет Бейт-Шеана и Археологическое управление) на площади около 1500 дунамов вновь возобновились археологические работы. В ходе раскопок на месте разрушенного древнего города были обнаружены римский театр (аналогичный театру в Кейсарии), храмы, торговые центры, бани, мозаики и другие памятники старины. Одновременно велись и реставрационные работы.